Contador para consultorios médicos: deducciones y régimen óptimo 2026

¿Qué régimen fiscal le conviene a un médico con consultorio propio?

Para la mayoría de médicos que cobran menos de 3.5 millones al año y tienen pocos gastos, el RESICO de personas físicas suele convenir: pagas ISR con tasas de 1% a 2.5% sobre ingresos cobrados, sin deducir gastos (art. 113-E LISR). Si inviertes fuerte —equipo de diagnóstico, renta alta, enfermería en nómina—, el régimen de honorarios (actividades profesionales, art. 100 LISR) suele salir mejor porque sí restas gastos antes del impuesto. Regla práctica: poco gasto y mucho ingreso, RESICO; mucha inversión, honorarios. Corre el test de régimen fiscal.

Aclaración que confunde a muchos: «honorarios» y «actividades profesionales» son lo mismo (Cap. II del Título IV LISR); RESICO PF (art. 113-E LISR) es un régimen distinto y más reciente. Elegir bien desde el alta evita pagar de más durante años. Este artículo es satélite de nuestra planeación fiscal para médicos.

RESICO PF vs honorarios vs actividad empresarial: ¿cuándo conviene cada uno?

Depende de cuánto ganas y cuánto gastas. RESICO PF conviene si cobras hasta 3.5 millones al año y tienes pocos gastos: tasa baja directa sobre el ingreso cobrado (art. 113-E LISR). Honorarios conviene si inviertes fuerte en equipo, renta o personal, porque deduces antes de la tarifa progresiva (art. 100 y 106 LISR). La actividad empresarial aplica cuando el consultorio deja de ser tu práctica individual y opera como negocio con varios médicos o venta de productos (art. 100 LISR). Aquí lo tienes en una tabla citable.

¿Los servicios médicos pagan IVA o están exentos?

Los servicios profesionales de medicina prestados por personas físicas están EXENTOS de IVA, no gravados a tasa 0%. Lo establece el art. 15, fracción XIV de la LIVA, que exenta esos servicios cuando los presta una persona física, individualmente o por sociedades CIVILES. En la práctica: si eres médico persona física y cobras tu consulta al paciente, ese acto médico va SIN IVA. El IVA general es 16% (art. 1 LIVA), pero a tu consulta no se le aplica por estar exenta.

Importa la diferencia: «exento» no es «tasa 0%». En tasa 0% (art. 2-A LIVA) acreditas el IVA de tus proveedores; en exento (art. 15 LIVA) NO lo acreditas y se vuelve parte de tu costo, así que un médico exento absorbe el IVA de su equipo e insumos.

El IVA al 16% SÍ se causa en tres supuestos: (a) cuando operas mediante una sociedad MERCANTIL (S.A., S. de R.L.) y no como persona física ni sociedad civil; (b) cuando vendes productos o mercancía (medicamentos como producto, suplementos, aparatos), porque ahí gravas un bien; y (c) cuando prestas servicios estéticos que no requieren título de médico. Separa siempre el acto médico (exento) de la venta de producto (gravado). Por la sensibilidad del tema, valídalo caso por caso; agéndalo en tu primera sesión gratuita por WhatsApp.

¿Qué puede deducir un médico en su consultorio?

Si tributas en honorarios o actividad empresarial, deduces todo gasto estrictamente indispensable para tu práctica, con CFDI a tu nombre y pago bancario cuando exceda 2 mil pesos (art. 27 y 103 LISR). Eso incluye insumos clínicos, renta del consultorio, servicios, sueldos de enfermería y recepción, software, cursos y la depreciación de tu equipo. El equipo médico —ultrasonido, electrocardiógrafo, mobiliario clínico— no se deduce de golpe: se deprecia como inversión en activo fijo durante varios ejercicios (art. 34 LISR). En RESICO PF no aplican estas deducciones: pagas sobre el ingreso cobrado.

El error clásico es comprar el equipo nuevo pensando que lo deduces completo el primer año. No es así: la deducción de inversiones se reparte por ejercicios según el porcentaje de ley para cada bien (art. 31 y 34 LISR).

¿Cómo debe facturar un médico a pacientes y aseguradoras?

Cada cobro a un paciente debe respaldarse con un CFDI o, si no lo pide, con una factura global de público en general (art. 29 y 29-A CFF), con el RFC del paciente o el genérico XAXX010101000 y la consulta como acto médico EXENTO de IVA (clave de exento, no tasa 0%). Al facturar a una aseguradora o persona moral, emites el CFDI a su nombre; si te paga una persona moral en RESICO PF te retiene 1.25% de ISR que después acreditas (art. 113-J LISR). Para que el paciente pueda deducir gastos médicos en su anual, el pago debe ir por medios distintos al efectivo. Y registra todo cobro en efectivo o terminal: la discrepancia entre lo que depositas y lo que facturas es de los focos rojos que más dispara revisiones del SAT. Este es el flujo básico para no fallar.

1. Pide los datos fiscales (RFC, régimen y código postal) antes de cerrar el cobro.
2. Emite el CFDI con la clave de servicio médico y registra la consulta como acto médico EXENTO de IVA; desglosa IVA 16% solo si vendes un producto gravado.
3. Registra la forma de pago real para que coincida con tu banco; para gastos deducibles del paciente, evita el efectivo.
4. Si el paciente no quiere factura, acumula esos cobros en la factura global del periodo.
5. Concilia mensualmente lo facturado contra lo depositado: ahí se previenen la mayoría de los requerimientos.

¿Cuánto ISR paga un médico en RESICO PF?

En RESICO PF pagas mensualmente una tasa de 1% a 2.5% según tu nivel de ingresos cobrados, sin restar gastos (art. 113-E LISR). El tramo más bajo aplica a ingresos pequeños y sube hasta el tope de 2.5% conforme crecen tus cobros, dentro del límite anual de 3.5 millones (montos exactos por validar 2026). Si te paga una persona moral —clínica o aseguradora— te retiene 1.25% de ISR que después acreditas (art. 113-J LISR). La ventaja es la simplicidad y la tasa baja; la desventaja es que no deduces, así que en un año de inversión fuerte conviene comparar contra honorarios antes de quedarte en RESICO por inercia.

¿Cómo decido sin equivocarme y cuánto cuesta un contador?

La decisión depende de tres números tuyos: cuánto cobras al año, cuánto gastas en operar el consultorio y cuánto invertirás en equipo este ejercicio. Con esos datos, la comparación entre RESICO PF y honorarios deja de ser teoría. Elegir mal no es un trámite: es pagar miles de pesos de más cada año o quedarte sin deducir una inversión grande. Corre los números antes de tu próxima declaración con el test de régimen fiscal.

¿Y cuánto cuesta un contador para tu consultorio? No hay tarifa única. Como referencia, los rangos de mercado para contabilidad mensual de un consultorio van de unos $1,500 a $6,000 MXN al mes. Son rangos de mercado que varían según complejidad, régimen y ubicación —no son tarifas de Praxium— y los detallamos en cuánto cobra un contador en México.

En Praxium acompañamos a profesionistas de la salud a elegir régimen, ordenar deducciones y facturar sin sustos, con «claridad fiscal para los que no se detienen». Tu primera sesión es gratuita: agéndala por WhatsApp, desde /contacto o explora más herramientas para correr tus cálculos.

¿Las facturas de los médicos llevan IVA?

Como regla, no. Cuando un médico persona física cobra una consulta o un acto médico, esa factura va SIN IVA porque el servicio profesional de medicina está EXENTO por el art. 15, fracción XIV de la LIVA (aplica cuando lo presta una persona física, sola o por sociedad civil). En el CFDI eso se refleja marcando la operación como exenta, no a tasa 0%: son cosas distintas y confundirlas te cuesta dinero.

El matiz que cambia todo es QUIÉN factura. Si el mismo servicio lo cobra un hospital o una clínica constituida como sociedad MERCANTIL (S.A. de C.V. o S. de R.L.), la exención del art. 15-XIV LIVA ya no aplica a esa persona moral y la factura del hospital sí causa IVA al 16% (art. 1 LIVA). Por eso, cuando un paciente se opera, suele ver dos facturas: la de honorarios del cirujano persona física (exenta) y la del hospital (con IVA). No es un error: es que la ley exenta al profesional, no a la empresa.

Consecuencia práctica que casi nadie te explica: al estar exento (no a tasa 0%), NO acreditas el IVA que te cobran tus proveedores —insumos, equipo, renta facturada con IVA— y ese 16% se vuelve parte de tu costo. Por eso un consultorio persona física «absorbe» el IVA de sus compras: no lo recupera. Esto pesa al decidir si conviene operar como persona física o montar una estructura, y es una conversación que conviene tener con un contador antes de invertir fuerte en equipo.

¿Cómo factura un médico y qué CFDI usa?

Un médico emite un CFDI de Ingreso (la factura normal por cobrar la consulta), versión 4.0, y la clave central es la de producto/servicio del catálogo del SAT para servicios médicos: para consulta de medicina general suele usarse la clave 85121800 («Práctica de medicina general») o la específica de la especialidad dentro del grupo 851218 (servicios de medicina). La clave de unidad habitual es E48 («Unidad de servicio»). Confirma siempre la clave exacta en el catálogo vigente del SAT, porque ahí es donde más se equivocan los facturadores genéricos.

El campo decisivo para no causar IVA por error es ObjetoImp: en una consulta médica exenta se marca «02» (sí objeto de impuesto) y se registra el IVA como EXENTO en el detalle del concepto, no como tasa 0% ni omitiéndolo. Si tu sistema te pone IVA 16% o tasa 0% en la consulta, está mal configurado. Cuando además vendes un producto gravado (un medicamento, un suplemento), ese concepto sí se desglosa con IVA 16% en la misma o en otra factura: una factura puede tener un renglón exento (la consulta) y otro gravado (el producto).

El otro dato que pone el PACIENTE, no tú, es el «Uso del CFDI». Si el paciente quiere deducir el gasto médico en su declaración anual, debe pedirte uso «D01 — Honorarios médicos, dentales y gastos hospitalarios»; si no lo va a deducir, suele ir «G03 — Gastos en general» o el genérico. Tú no decides el uso: lo capturas tal como te lo da el paciente con su Constancia de Situación Fiscal. Y recuerda el requisito de la deducción del paciente: el pago debe ir por medio bancario (transferencia, tarjeta), no en efectivo, o el SAT le rechaza la deducción aunque la factura esté perfecta.

• Tipo de comprobante: Ingreso (CFDI 4.0); para parcialidades, complemento de pago (REP).
• Clave de producto/servicio: la del grupo 851218 «Servicios de medicina» del catálogo SAT (p. ej. 85121800 medicina general); valida la de tu especialidad.
• Clave de unidad: E48 «Unidad de servicio».
• ObjetoImp «02» + IVA marcado como EXENTO en el concepto de la consulta (no tasa 0%, no 16%).
• Uso del CFDI: lo da el paciente — «D01» si va a deducir gastos médicos, «G03» o genérico si no.
• Forma de pago: la real (transferencia/tarjeta para que el paciente pueda deducir; efectivo cierra esa puerta).
• Régimen fiscal del emisor: el tuyo (RESICO PF, honorarios, etc.), tal como aparece en tu CSF.

¿Qué obligaciones contables tiene un consultorio?

Depende del régimen, pero hay un piso común para casi todo consultorio: emitir CFDI por cada cobro (o factura global de los pacientes que no la pidieron), declarar mes a mes y guardar la documentación que respalde ingresos y gastos por al menos cinco años (art. 30 CFF). En RESICO PF la carga es ligera: pagos provisionales mensuales con tasa de 1% a 2.5% sobre ingresos cobrados y declaración anual, sin contabilidad electrónica pesada (art. 113-E y 113-F LISR). En honorarios/actividad empresarial la carga sube: pagos provisionales con deducciones, declaración anual y, según tu nivel de ingresos, contabilidad electrónica enviada al SAT (art. 28 CFF).

La DIOT (Declaración Informativa de Operaciones con Terceros) es la que más confunde a un médico: si estás EXENTO de IVA, realizas actos exentos y por regla general no presentas DIOT por esos actos; pero en cuanto causas IVA —vendes producto gravado, operas por sociedad mercantil— entras al universo de IVA y la DIOT vuelve a ser tema. No lo asumas: depende de tu mezcla real de ingresos.

El bloque que dispara costos y multas es el personal. Si tienes enfermería, recepción o un asistente en NÓMINA, te conviertes en patrón: timbras nómina con CFDI, retienes y enteras ISR de sueldos, das de alta a tus trabajadores en el IMSS y pagas cuotas obrero-patronales e INFONAVIT (art. 15 Ley del Seguro Social; art. 99 LISR). Tener gente «por fuera» sin alta en el IMSS es de los riesgos más caros y silenciosos de un consultorio. Y el reflejo de todo esto es la conciliación: lo que depositas en tu banco o pasas por terminal debe cuadrar con lo que facturas —la discrepancia entre depósitos y CFDI es uno de los focos que más dispara revisiones del SAT.