La contabilidad de una farmacia empieza en el punto de venta: si un SKU tiene mal la tasa, la declaración del mes nace mal. Y dos datos que casi siempre se citan viejos: la factura global se emite dentro de las 24 horas del cierre y una farmacia que solo revende no es contribuyente del IEPS.
Revisa tu punto de venta antes que tu declaración
¿Qué hace un contador para una farmacia?
Menos de lo que parece en el cierre del mes y mucho más en el sistema del mostrador. En una farmacia el dato nace en el punto de venta: cada producto lleva su tasa —medicinas de patente al 0 %, la mayoría de lo demás al 16 %—, cada corte de caja alimenta la factura global y cada venta facturada a un cliente con RFC tiene que salir de esa global. Si eso está bien configurado, la declaración se arma sola; si no, se arma a mano y con diferencias.
El detalle de qué producto lleva qué tasa está en IVA en farmacias. Aquí va lo operativo: la configuración, la factura global, el IEPS que no causas y el saldo a favor que sí puedes cobrar.
La factura global del mostrador: 24 horas, no 72
Las ventas al público en general se amparan con un comprobante global, y el plazo cambió: la regla vigente de la RMF 2026 (2.7.1.21) exige emitirlo dentro de las 24 horas siguientes al cierre de las operaciones del día. El plazo de 72 horas que todavía circula en manuales y en configuraciones de punto de venta es de 2025; conviene revisar cómo lo tiene programado tu sistema.
La otra mitad de la regla es la que produce ingresos duplicados: cuando un cliente pide factura con su RFC, esa venta se documenta con un CFDI nominativo y debe excluirse de la global del día. Un sistema que no las separa termina declarando dos veces el mismo medicamento.
Revisa tu punto de venta antes que tu declaración
Cada SKU con su tasa: lo que se configura y qué pasa si falla
Esta es la revisión que hacemos al entrar a una farmacia, antes de tocar la contabilidad. Cinco puntos del sistema explican prácticamente todas las diferencias que después aparecen en la declaración.
| Qué se configura | Dónde vive | Qué pasa si está mal |
|---|---|---|
| Tasa de IVA por producto: 0 %, 16 % o exento | Catálogo del punto de venta | Un antibiótico marcado al 16 % le cobra de más al cliente y descuadra tu declaración |
| Clave de producto y servicio del SAT por SKU | Catálogo del punto de venta | El CFDI se timbra, pero el cruce de inventario contra ventas deja de cuadrar |
| Corte de caja diario y emisión de la factura global | Sistema y contabilidad | Fuera de las 24 horas de la regla vigente, la global se emite tarde |
| Ventas facturadas a clientes con RFC | Punto de venta | Si no se excluyen de la global, el ingreso se declara dos veces |
| Costo de lo vendido e inventario | Sistema de inventarios | Sin costeo, la utilidad del mes es una estimación y el ISR también |
¿Una farmacia paga IEPS?
Por revender, no. El art. 8o., fracción I, inciso c), de la LIEPS establece que quienes no son fabricantes, productores ni importadores no se consideran contribuyentes del impuesto por enajenar los bienes de los incisos C), D), G) y H) del art. 2o., fracción I, entre ellos los tabacos labrados y las bebidas saborizadas. El IEPS viene dentro de tu precio de compra, forma parte de tu costo y no se traslada por separado ni se acredita.
Con las bebidas energetizantes el supuesto es distinto: la exención vive en el inciso d) de esa misma fracción y se apoya en que la venta sea al público en general. Si tu mostrador vende volumen de ese tipo de producto, vale la pena revisarlo antes de darlo por resuelto.
El saldo a favor de IVA no se cobra solo
Una farmacia compra medicina de patente a tasa 0 % pero paga IVA en renta, luz, sistema, empaque, publicidad y servicios: mes con mes acumula saldo a favor. La decisión mensual es si lo acreditas contra los meses siguientes o lo solicitas en devolución, y esa decisión se toma con el flujo del negocio en la mano, no por costumbre.
Si vas por la devolución, la autoridad tiene 40 días hábiles para resolver (art. 22 CFF) y el expediente pesa más que el trámite: relación de compras con CFDI, papeles de trabajo del acreditamiento y estados de cuenta. Ten presente que la obligación de devolver prescribe en los mismos términos y condiciones que el crédito fiscal (art. 22 CFF), es decir, en cinco años (art. 146 CFF); la solicitud de devolución interrumpe esa prescripción, salvo que te desistas de ella: un saldo dormido tiene fecha de caducidad.
Errores comunes y qué hacer este mes
El primero es el catálogo sin revisar: farmacias que llevan años cobrando 16 % sobre productos que van al 0 %, o al revés. El segundo es la global emitida fuera de tiempo. El tercero es acumular saldo a favor sin decidir qué hacer con él. En honorarios contables, una farmacia se mueve entre $3,000 y $7,000 al mes en rangos de mercado 2026, y una cadena con varias sucursales e inventario entre $8,000 y $15,000; en Praxium la primera sesión de diagnóstico es sin costo.
- Exporta tu catálogo de productos y revisa la tasa de IVA de cada SKU con tu contador.
- Verifica que el sistema emita la factura global dentro de las 24 horas siguientes al cierre del día.
- Comprueba que las ventas facturadas con RFC no queden también dentro de la global.
- Cuadra mensualmente inventario, costo de lo vendido y ventas antes de calcular el ISR.
- Define si tu saldo a favor de IVA se acredita o se solicita, y no lo dejes dormido.
Preguntas frecuentes
¿Cada cuándo debe emitir una farmacia su factura global?
Dentro de las 24 horas siguientes al cierre de las operaciones del día, conforme a la regla vigente de la RMF 2026 sobre comprobantes por operaciones con el público en general (2.7.1.21). El plazo de 72 horas corresponde a la versión anterior de la regla, así que conviene revisar cómo está configurado el punto de venta.
¿Una farmacia es contribuyente del IEPS?
No por revender. El art. 8o., fracción I, inciso c), de la LIEPS señala que quienes no son fabricantes, productores ni importadores no se consideran contribuyentes por enajenar bienes como tabacos labrados o bebidas saborizadas. Ese IEPS viene dentro del precio de compra, es parte del costo y no se traslada ni se acredita.
¿Por qué mi farmacia siempre tiene saldo a favor de IVA?
Porque vende buena parte de su inventario a tasa 0 % —las medicinas de patente— y paga IVA al 16 % en renta, energía, sistema, empaque y servicios. El impuesto acreditable supera al trasladado y el saldo se acumula. Cada mes hay que decidir si se acredita contra los siguientes o se solicita en devolución.
¿Qué pasa si un cliente pide factura de una venta ya incluida en la global?
Hay que documentar esa venta con un CFDI nominativo y excluirla del comprobante global del periodo; si el global ya se emitió, se corrige para no duplicar el ingreso. Es el origen más frecuente de las diferencias entre lo que el sistema reporta como ventas y lo que aparece declarado.
¿Cuánto cobra un contador por llevar una farmacia?
En rangos de mercado 2026, entre $3,000 y $7,000 al mes para una farmacia con un punto de venta, y entre $8,000 y $15,000 para una cadena con varias sucursales, inventario y nómina amplia. Lo que encarece el trabajo es el inventario y el número de tasas conviviendo, no el monto de la venta.
Revisa tu punto de venta antes que tu declaración
Auditamos el catálogo de productos, la factura global y tu saldo a favor de IVA para ver qué se corrige primero.