Las medicinas de patente se facturan con IVA a tasa 0 % —no exento— y el resto del mostrador al 16 %, en el mismo comprobante. Y hay una conversación que conviene tener en el mostrador: la medicina comprada en farmacia no es deducción personal, salvo que venga en el documento del hospital.
¿Cuánto cuesta llevar bien la contabilidad de tu farmacia?
¿Qué IVA lleva la factura de un medicamento?
Tasa 0 %. El artículo 2-A, fracción I, inciso b), de la LIVA grava a esa tasa las medicinas de patente, y el artículo 7 de su Reglamento precisa cuáles son: las especialidades farmacéuticas, los estupefacientes, las substancias psicotrópicas y los antígenos o vacunas, incluyendo las homeopáticas y las veterinarias; los medicamentos magistrales y oficinales solo entran cuando son equivalentes a una especialidad farmacéutica. Todo lo demás del mostrador —suplementos, remedios herbolarios, material de curación, pañales, cosméticos, alimento para mascotas— va al 16 %.
El detalle técnico que más se equivoca: tasa 0 % no es «exento». En el CFDI se captura el traslado de IVA con factor «Tasa» al 0.000000, no con factor «Exento». Timbrarlo como exento cambia el tratamiento del acreditamiento y es lo que después impide a la farmacia recuperar su saldo a favor, que en este giro es permanente porque compras con IVA y vendes sin él.
Quién pide la factura y qué se captura en cada caso
En el mostrador de una farmacia la factura la pide gente muy distinta, y el uso del CFDI cambia con cada una. Esta tabla es la que conviene tener pegada junto a la caja.
| Quién pide la factura | Uso del CFDI | Qué puede hacer con ella |
|---|---|---|
| Paciente que compró su receta en el mostrador | G03, gastos en general | No es deducción personal: la medicina de farmacia queda fuera del art. 264 RLISR |
| Paciente hospitalizado cuya medicina va en la cuenta del hospital | La factura la emite el hospital con D01 | Sí es deducible como gasto médico, dentro del documento hospitalario |
| Empresa que surte botiquín o gastos médicos de su personal | G03 | Deducible para la empresa como gasto estrictamente indispensable |
| Clínica o consultorio que revende o aplica el medicamento | G01, adquisición de mercancías | Forma parte de su costo |
| Cliente que no pide factura | Entra en el CFDI global del día | Se agrupa con clave genérica de público en general |
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La conversación incómoda: «la quiero para deducirla»
Es el momento más frecuente de fricción en una farmacia y conviene explicarlo bien. El artículo 264 del Reglamento de la LISR, que desarrolla la deducción personal del artículo 151, fracción I, incluye «medicinas que se incluyan en los documentos que expidan las instituciones hospitalarias». Es decir: la medicina es deducible cuando forma parte de la cuenta del hospital, no cuando se compra en el mostrador, aunque haya receta y aunque el pago sea con tarjeta.
El mismo artículo sí abre otras puertas que casi nadie usa: aparatos para rehabilitación, honorarios de enfermeras, análisis, estudios clínicos, prótesis y lentes ópticos graduados hasta $2,500 al año por persona, siempre que el comprobante describa las características de los lentes o se tenga el diagnóstico del oftalmólogo u optometrista. Si tu farmacia vende óptica, ese renglón sí es deducible para tu cliente.
El CFDI global de los tickets del día
La mayor parte de las ventas de una farmacia son al público en general y se agrupan en un comprobante global. El plazo se acortó: la regla 2.7.1.21 de la Resolución Miscelánea Fiscal 2026 te deja elegir un CFDI global diario, semanal o mensual y pide timbrarlo dentro de las 24 horas siguientes al cierre de las operaciones del periodo que elijas; las 72 horas que muchos sistemas todavía tienen configuradas son de 2025.
Ahí se cuela el error que descuadra la contabilidad: agrupar todo al 16 % «para no complicarse». Si tus ventas a tasa 0 % desaparecen del global, tu declaración muestra más IVA trasladado del que cobraste y menos saldo a favor del que te corresponde. El global se separa por tasa, igual que el ticket.
Cancelar y reexpedir cuando el cliente vuelve
Pasa todos los días: el cliente se fue con ticket y regresa por la factura. Ese consumo ya está dentro del comprobante global, así que hay que sacarlo de ahí —cancelando y reexpidiendo el global— antes de emitir la factura nominativa; si no, el ingreso queda facturado dos veces.
Y hay un reloj nuevo para las cancelaciones: el artículo 29-A del CFF, reformado en el decreto publicado el 7 de noviembre de 2025, permite cancelar comprobantes a más tardar en el mes en que se deba presentar la declaración anual del ejercicio en que se expidieron. La mecánica de llenado está en cómo facturar en México 2026.
Errores comunes y qué hacer hoy
El error más costoso no es de forma: es configurar el punto de venta con una sola tasa. En una farmacia eso significa perder el saldo a favor mes tras mes o cobrar IVA que no se causa.
- Clasifica tu catálogo por tasa: medicina de patente al 0 %, el resto al 16 %.
- Captura el 0 % como factor «Tasa» al 0.000000, nunca como «Exento».
- Explica en el mostrador que la medicina de farmacia no es deducción personal, para evitar retimbrados.
- Emite el CFDI global —diario, semanal o mensual, tú eliges— dentro de las 24 horas siguientes al cierre del periodo, separado por tasa.
- Cuando un cliente pida factura después, saca ese consumo del global antes de emitirla.
Preguntas frecuentes
¿Los medicamentos llevan IVA en la factura?
Llevan IVA a tasa 0 % cuando son medicinas de patente: el artículo 7 del Reglamento de la LIVA las define como las especialidades farmacéuticas, los estupefacientes, las substancias psicotrópicas y los antígenos o vacunas, incluyendo las homeopáticas y las veterinarias. Suplementos, remedios herbolarios, material de curación, pañales y cosméticos se facturan al 16 %. En el CFDI el 0 % se captura como factor «Tasa», no como «Exento».
¿Puedo deducir las medicinas que compré en la farmacia?
Como deducción personal, no. El artículo 264 del Reglamento de la LISR solo admite las medicinas que se incluyan en los documentos que expidan las instituciones hospitalarias. La compra de mostrador, aunque tengas receta y factura, queda fuera; una empresa sí puede deducirla como gasto de su operación.
¿Qué uso de CFDI pongo en la factura de un medicamento?
G03, gastos en general, cuando el receptor es el paciente o una empresa que surte botiquín; G01, adquisición de mercancías, si quien compra es una clínica que va a revender o aplicar el medicamento. La clave D01 corresponde al documento que expide el hospital, no al ticket de farmacia.
¿En cuánto tiempo se emite la factura global de una farmacia?
Dentro de las 24 horas siguientes al cierre de las operaciones del periodo que elijas: la regla 2.7.1.21 de la Resolución Miscelánea Fiscal 2026 admite un CFDI global diario, semanal o mensual. Debe separar las ventas por tasa: si agrupas todo al 16 %, tu declaración reflejará IVA trasladado que no cobraste y perderás saldo a favor.
¿Qué hago si el cliente pide la factura días después?
Ese consumo ya está en el comprobante global del día, así que primero hay que cancelar y reexpedir el global sin él y luego emitir la factura nominativa. El artículo 29-A del CFF permite cancelar a más tardar en el mes en que se deba presentar la declaración anual del ejercicio en que se expidió el comprobante.
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